मछुआरों का मुद्दा भारत एवं श्रीलंका के आपसी रिश्ते में एक विवादास्पद मुद्दा है। श्रीलंकाई समुद्री सीमा में अवैध रूप से घुस जाने की कई कथित घटनाओं में पाक जलडमरूमध्य में श्रीलंका के नौसैनिक भारतीय मछुआरों पर गोलियां भी चला देते हैं और उनकी नौकाएं जब्त कर लेते हैं। पाक जलडमरूमध्य श्रीलंका को तमिलनाडु से अलग करने वाली संकरी जलपट्टी है जो दोनों देशों के मछुआरों के लिए मछलियां पकड़ने की जगह है।

एक-दूसरे के समुद्री सीमा में अनजाने में पहुंच जाने पर अक्सर दोनों देशों के मछुआरों को गिरफ्तार कर लिया जाता है। वर्ष 2023 में श्रीलंका की नौसेना ने उसकी समुद्री सीमा में कथित रूप से मछली पकड़ने को लेकर 240 भारतीय मछुआरों को 35 नौकाओं के साथ पकड़ा।